探索原神船底仙灵之谜，关键在于理解场景中机关与引导元素之间的互动逻辑。整个探索流程通常始于对特定机关的破解，例如在清籁丸船底，玩家首先会遇到带有指针的旋转机关，解谜的核心在于观察每个指针上稍长的边，通过转动它们，使得四个指针的长边能够两两相对，最终围成一个完整的长方形图案。成功破解后，往往会触发场景变化，如地面塌陷露出向下的通道，或是直接解锁通往下一区域的道路，这标志着探索的正式开启。
推进探索的核心驱动力是跟随仙灵的引导。在初始机关破解后，仙灵会出现并开始移动，玩家需要触碰并跟随它。仙灵的路径设计通常贯穿整个谜题区域，它会带领玩家穿越沉船内部，经过屏障与门锁。途中需要注意，一些屏障需要借助场景中的雷种子才能破除。跟随仙灵的过程中，玩家可能会途经雷神瞳的采集点，顺手收集可以提升探索效率。仙灵最终会引导玩家找到关键的宝箱，其中常藏有锈蚀的钥匙或完整的钥匙，这是打开后续封锁门扉的必要道具。
钥匙的获取与使用是解开多层空间的关键步骤。在沉船的不同层级，玩家通过开启宝箱可能获得多把钥匙。在船舱某一层的水坑中开启宝箱，就能获得一把完整的钥匙。使用这把钥匙可以打开同层中之前无法开启的房门，从而进入新的房间或区域，获取里面的宝箱奖励。这个过程往往与仙灵的路径交汇，仙灵可能会进入一扇门后，而这扇门正需要你刚刚获得的钥匙来开启，形成连贯的解谜节奏。
探索中后期可能会遇到更复杂的复合型谜题，例如翻牌解谜和继电石连接。翻牌解谜需要玩家按特定顺序点亮具有图案的地砖，以打开通道或激活机关。而继电石谜题则需要玩家在场景中寻找散落的继电石，通常第一块继电石可能藏在碎石中，第二块在结界内，第三块则需要通过相位之门传送后获取。玩家需要将这些继电石带回指定位置并正确摆放，以完成电路的连接，从而开启最终的山洞大门或激活某种机制。
整个船底仙灵探索的收尾阶段，往往伴战斗与奖励获取。在完成所有电路连接或引导后，下方锁住的门会开启，进入山洞击败看守的怪物，可以开启宝箱并引导雷灵。玩家可以借助雷种子或相位之门返回高处。将仙灵引导至其座台，通常会刷新出一个宝箱，标志着该区域仙灵之谜的完全解开。整个流程要求玩家综合运用观察、解谜与跟随引导的能力。
